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广东已检出,新冠变异株多国蔓延,需要担心吗?


广东已检出,新冠变异株多国蔓延,需要担心吗?

  2024-05-16 10:46:23     简体|繁體
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本文作者:陈焰汐

最近,新冠病毒 KP.2 变异株刷屏了。

在此前的几个月中,JN.1 已成为全球主流的新冠变异株,而最近出现的 KP.2 也展现出了较快的传播速度。

据国家疾控局,KP.2 在今年 1 月被首次检测到,此后,它在全球流行毒株中的占比逐渐增加,从 1 月上旬的 0.16% 增长至 5 月上旬的 14% 左右,部分国家 KP.2 占比已达到 10~30%。

目前,世界卫生组织已将 KP.2 列入「需要监测的变异株」。

传播力增强,但优势有限

KP.2 又名 JN.1.11.1.2,实际上是 JN.1 的亚分支。根据 GISAID 序列数据[1],KP.2 在新冠病毒刺突蛋白基因中存在三个突变——R346T、F456L 和 V1104L,其中前两个突变最为关键。这些突变可以通过改变刺突蛋白的结构,增强病毒的免疫逃避能力,从而增强病毒的传播力。

不过,这些突变带来的改变可能有限。日本东京大学团队近期在 bioRxiv 上发表的预印本研究就表示[2],KP.2 的传播效率比 JN.1 预计高出 20~30%,但其感染性可能仅为 JN.1 的不到 10%。国家疾控局也表示,现有研究认为,KP.2 的传播优势和 JN.1 其他亚分支相比不会有大幅提升。

KP.2 与其他主要新冠病毒变异株的有效繁殖数比较(图源:参考资料 2)

根据美国疾控中心(CDC)的新冠病毒变异株监测系统[3],今年 2 月 17 日首次监测到有意义的 KP.2 毒株传播,当时 JN.1 在监测样本中的占比达 78.9%,而 KP.2 的占比只有 0.1%。此后,KP.2 在监测样本中的占比便迅速上涨,4 月 13 日时已占样本的 6.4%。

根据 CDC 新冠病毒变异株监测系统的即时预报模型,预计 4 月 27 日 KP.2 在监测样本中的占比将高达 15.9%,并会在 5 月 11 日以 28.2% 的样本占比超过 JN.1,成为全美最为流行的新冠病毒变异株。

CDC 新冠病毒变异株监测系统的数据(图源:CDC)

一项基于污水监测的模型[4]预测,KP.2 毒株的新冠病毒感染病例数量将于近期激增,美国境内的感染人数或将于 5 月 26 日超过每天 40 万,且大部分均为 FLiRT 毒株。(注:KP.2 与同样携带有 R346T、F456L 突变的 KP.1.1 被统称为 FLiRT 毒株)

4 月 16 日至 5 月 26 日的 FLiRT 毒株流行趋势预测图(图源:参考资料 4)

美国新冠病毒检测阳性病例数据(图源:参考资料 4)

而在欧盟,根据欧洲疾控中心呼吸道病毒监控简报[5],尽管已有检测到 KP.2 的报道,但目前欧盟国家流行的新冠病毒变异株仍以 BA.2.86(包括其衍生毒株 JN.1)和 XBB.1.5 及其衍生毒株为主,其他毒株的占比极少。

张文宏最新研判:实际临床风险有限

据国家疾控局的数据,我国现阶段的主要流行株构成比排在前三位的为 JN.1、JN.1.16 和 JN.1.4,3 月 11 日首次从广东本土病例中监测到 KP.2 变异株。

截至 5 月 12 日,在我国本土病例中监测到 25 条 KP.2 序列。每周报告的本土序列中 KP.2 占比在 0.05~0.30% 之间,处于极低水平。

国家疾控局专家研判认为,考虑到当前 KP.2 亚分支感染病例在我国本土病例中的占比极低,以及此前我国 JN.1 引起的疫情目前已经降低到较低水平,KP.2 亚分支短期内成为我国优势流行株的可能性低,引发新一次感染高峰的可能性低。

约翰·霍普金斯大学感染病学教授 Andrew Pekosz 在接受采访时也表示,KP.2 的传播严重程度可能有限[6],「新冠病毒变异株流行的模式几年来一直在重演。但重要的是,流行的规模一直在下降。」

5 月 15 日,华山感染发布张文宏教授最新研判,他表示,新冠病毒处于持续的变异中,但仍很难突破奥密克戎家族。

根据国家传染病医学中心联合全国 79 家医院的监测数据,2024 年 1 月起出现 JN.1,并在 1~3 月检出均在 70% 以上,出现 JN.1.1 及 JN.6 等分型,截至 4 月 30 日,仍以 JN.1 检出为主。

张文宏表示,当前监测数据提示,我国当前流行的新冠病毒仍属奥密克戎 JN.1 为主,后续虽然 KP.2 仍然会有出现比例增高的可能性,但从国际数据来看,美国 CDC 监测提示 KP.2 占比上升,但急诊就诊、住院人数以及死亡人数未见明显变化,因此可以判断 KP.2 后续的实际临床风险有限。(策划:z_popeye|监制:gyouza)

参考资料:

[1]https://outbreak.info/compare-lineages?pango=KP.2&pango=JN.1&gene=ORF1a&gene=ORF1b&gene=S&threshold=75&dark=false

[2]Kaku Y, Uriu K, Kosugi Y, et al. Virological characteristics of the SARS-CoV-2 KP.2 variant

bioRxiv 2024.04.24.590786; doi: 10.1101/2024.04.24.590786

[3]https://covid.cdc.gov/covid-data-tracker/#variant-summary

[4]https://twitter.com/JPWeiland

[5]https://erviss.org/

[6]https://www.nbcnews.com/health/health-news/covid-variant-kp2-summer-uptick-cdc-rcna150883



编辑:ifhealth 来源:丁香园

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